ШКОЛА НА СТЫКЕ НАУК
Более пятидесяти студентов, аспирантов и молодых ученых со всей
России (от Нижнего Новгорода до Владивостока) и Казахстана
собрались 11-16 сентября в Новосибирске для участия в
международной школе молодых ученых «Эволюция, системная биология
и высокопроизводительные вычисления в биоинформатике».
Ю. Черная, «НВС»
Уникальность этой школы в том, что она проходит сразу на
нескольких языках, — отметил один из лекторов профессор Томас
Касавант (Университет Айовы, США). — Я имею в виду не только и
не столько русский и английский языки, сколько язык математики,
статистики, программирования и язык биологии, систематики и
эволюции«. И, действительно, среди участников школы были молодые
ученые таких разных специальностей, как биология, химия, физика,
медицина, информатика, математика и программирование.
— Идея проведения школы возникла прошлым летом, на последней
международной конференции «Биоинформатика регуляции и структуры
генома», которая проходит раз в два года. Дело в том, что на
конференции выступают уже состоявшиеся специалисты в области
биоинформатики, — рассказывает чл.-к. РАН Николай Колчанов,
председатель научного комитета школы. — Нам хотелось провести
школу для молодых ученых, на которой они могли бы не только
слушать, но и занимать активную позицию в дискуссиях, выступать в
роли докладчиков сами. Исходя из этого, мы и строили структуру
обучения: 3-4 часа лекций, 2-3 часа семинарских занятий. Один
день был полностью посвящен докладам молодых ученых и их
постерной сессии. Пригласить в школу в качестве преподавателей
удалось не просто специалистов высокого уровня, занимающихся
наиболее актуальными на сегодняшний день проблемами
биоинформатики, но и прекрасных лекторов — у большинства
приглашенных в этом огромный опыт. По итогам школы будет создан
сайт, где будут представлены лекционные материалы. А после
проведения второй школы (которая планируется на следующий год
непосредственно перед конференцией «Бионформатика регуляции и
структуры генома») мы, учитывая нехватку учебных материалов по
биоинформатике, подготовим учебник со всеми лекциями на русском
языке.
 |
|
Поделиться общими впечатлениями от школы и рассказать о теме
своих выступлений мы попросили самих лекторов.
Профессор Дмитрий Щербаков (Лимнологический институт СО РАН,
Иркутск):
— Байкалу — около 30 миллионов лет. Естественно, что некоторые
группы организмов являются его ровесниками — предки этих видов
появились с ним одновременно. Однако, выявлено, что предки
множества современных видов Байкала появились 3,5 миллиона лет
назад. Это означает, что примерно в этот период, еще до
плейстоценового похолодания было колоссальное вымирание, на месте
которого за короткое время развилось необычайное разнообразие.
(Сегодня количество видов в Байкале приблизительно в 2 раза
больше, чем в любом другом месте в остальной Cеверной Азии.)
Причина этого колоссального вымирания пока остается для нас
загадкой. А в поиске ответов мы используем и компьютерное
моделирование, и молекулярную генетику, и математику, пытаясь
подобрать наиболее вероятный сценарий, учитывающий события
прошлого и современную ситуацию. Об этом и была моя лекция.
Подобные школы — это возможность для молодых специалистов
создать свое сообщество. Ведь обсуждать проблемы и делиться
новыми идеями внутри такого научного сообщества всегда
эффективней, чем с начальниками или именитыми коллегами. Честно
говоря, эта школа и мне дала возможность повидаться с коллегами,
«обновить связи внутри своего научного сообщества».
Профессор Василий Любецкий (Институт проблем передачи информации
РАН, Москва):
— В моей первой лекции вниманию слушателей предлагались
оригинальные методы построения «деревьев» белков и «дерева»
эволюции видов, методы реконструкции эволюционных событий
молекулярного уровня. Вторая лекция была посвящена математической
модели экспрессии генов, прежде всего, тех механизмов экспрессии,
которые связаны с образованием вторичных структур мРНК. Также
были представлены новые алгоритмы поиска регуляторных сигналов
экспрессии генов.
Биоинформатика — наука молодая и быстро развивающаяся. Она
основана, с одной стороны, на генетике и теории эволюции, а с
другой — на методах из математики и теории алгоритмов, которые
позволяют описывать содержательные явления с помощью эффективных
и быстрых компьютерных программ. Для счета таких программ
используются вычислительные устройства с параллельной
архитектурой и, пока в меньшей степени, грид-технологии. Найти
биолога, который хорошо владеет программированием и понимает
соответствующую математику, как и программиста, знающего
генетику, трудно. Поэтому, на мой взгляд, подобные школы
вообще нужны, но для биоинформатики — это острая необходимость.
Игорь Титов, кандидат физико-математических наук (Институт
цитологии и генетики СО РАН):
— Мы часто сталкиваемся с различными сетями. Оказалось, что
компьютерные, организационные, электрические, биологические и
многие другие сети имеют схожую структуру. О том, какими
характеристиками обладают устойчивые сети и неустойчивые, как они
возникают и по каким законам развиваются, я и рассказывал в своей
лекции.
Подобная школа проводится впервые. И, мне кажется, это настоящий
прорыв для Сибирского отделения — к нам приехали молодые ученые
со всей России. Ведь, как я уже говорил в своей лекции, для
успешного функционирования системы нужен обмен информацией и
кадрами.
Профессор Алексей Иванов (ГУ НИИ биомедицинской химии
им. Ореховича РАМН, Москва):
— Моя лекция была посвящена проблемам компьютерного
моделирования пространственных структур биологических
макромолекул. Сегодня эта тема необычайно актуальна, например,
при изучении пространственной «упаковки» белков как мишени для
действия новых лекарств.
Впечатления о школе у меня очень приятные. Здесь собрались
молодые специалисты, энтузиасты науки. Выступать перед
мотивированной, заинтересованной аудиторией «с огоньком в глазах»
всегда приятно.
Профессор Ральф Хофестадт (Университет Билефельда, Германия):
— Здесь я рассказывал о своей идее, о своей мечте — программе
«Виртуальная клетка», над которой мы работаем уже 20 лет. Пока
нам удалось получить лишь статичную картину, в которой не хватает
жизни и движения. Это лишь малая часть большого целого, но для
биоинформатики, это уже настоящий прорыв.
Я всегда с большим интересом следил и по возможности участвовал в
международной конференции «Бионформатика регуляции и структуры
генома». И, конечно, с удовольствием согласился преподавать в
первой молодежной школе, проходящей под эгидой Конференции. Идея
организовать школу только для молодых специалистов, на которой
они могут ознакомиться сразу со всеми актуальными проблемами
биоинформатики — очень удачна. Для меня школа — это, в первую
очередь, возможность донести новые, передовые идеи до молодежи.
Сегодня не существует достаточно мощных и быстрых компьютеров,
чтобы решать задачи системной биологии «в лоб». Поэтому сейчас
успех могут гарантировать не дорогая техника, а только новые
подходы, более эффективные алгоритмы и неожиданные решения.
Особое внимание в программе школы уделялось не только лекциям
ведущих специалистов и семинарским занятиям, но и внеучебной
программе.
— Культурные мероприятия, которые прошли в рамках школы помогли
участникам наладить общение между собой и с лекторами. А в
научной среде это необычайно важно: зачастую именно в процессе
общения людей разных специальностей рождаются новые идеи, новые
подходы к решению задач, — рассказывает Дмитрий Афонников,
председатель организационного комитета Школы. — Еще одна
отличительная особенность этой школы — свободное посещение
лекций для всех желающих. Я очень рад, что этой возможностью
воспользовались и ученые различных научно-исследовательских
институтов Новосибирска, и студенты НГУ.
Нам остается добавить, что проводил школу Институт цитологии и
генетики СО РАН при организационной поддержке Новосибирского
государственного университета, кафедры информационной биологии
ФЕН НГУ, Совета молодых ученых ИЦиГ и финансовой поддержке
Российского фонда фундаментальных исследований.
стр. 2
|
