Тезисы докладов

BioUML - это интегрированная, расширяемая, свободно доступная среда для системной биологии (http://www.biouml.org).

Основой BioUML является мета-модель, которая обеспечивает формализм для комплексного описания, графического представления и моделирования широкого круга биологических и других сложных систем. Мета-модель не зависит от предметной области и состоит из 3 взаимосвязанных уровней описания сложной системы:

1. граф - структура системы описывается как компартментализованный граф;
2. база данных - каждый элемент графа может содержать ссылку на некоторый объект в базе данных, кроме того, набор произвольных атрибутов может быть ассоциирован с элементом графа;
3. выполняемая модель - с каждым элементом графа может быть ассоциирован соответствующий элемент выполняемой (математической) модели, например, вершины графа могут быть переменными, а ребра графа могут быть уравнениями, описывающими изменения этих переменных.

Чтобы принять во внимание особенности конкретной предметной области мы вводим концепцию типа диаграммы. Тип диаграммы определяет какие объекты и связи могут быть размещены на диаграмме, особенности их графического представления, а так же правила, которые обеспечивают семантическую целостность и правильность диаграммы в процессе ее редактирования.

Чтобы обеспечить интеграцию различных баз данных в среду BioUML, мы вводим концепцию модуля. Как правило, модуль создается для конкретной базы данных и определяет способ представления информации из этой базы данных в виде объектов языка Java и специфичные для этой базы данных типы диаграмм.

Презентация доклада находится здесь.

Примечание. Тезисы докладов публикуются в авторской редакции

Ваши комментарии Обратная связь

[Головная страница] [Конференции]

© 1996-2000, Институт вычислительных технологий СО РАН, Новосибирск
© 1996-2000, Сибирское отделение Российской академии наук, Новосибирск